수정세금계산서 관련

출처 : 국세청법령시스템

 

 

관련 심판례.

 

[세 목]

부가

[결정유형]

기각

[문서번호]

조심2009중0044 (2009.04.01)

[전심번호]

[제 목]

일반세금계산서 교부없이 과세기간 종료후 20일내에 구매확인서가 발급되고 이때 영세율세금계산서를 교부한 경우

[요 지]

재화의 공급일이 속하는 날의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여, 당초 공급일에 일반세금계산서를 교부하지 아니하고 영세율세금계산서를 교부한 경우 세금계산서불성실가산세 부과는 정당함

[결정내용]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

부가가치세법 제16조【세금계산서】

주 문

심판청구를 기각한다.

 

이 유

1. 처분개요

가. 청구인은 1987.4.11. ○○○에서 개업하여 ○○○ 등(이하 “○○○”라 한다) 제조업을 영위하는 사업자로서, 2008년 1기 중 ○○○ 주식회사 등(이하 “○○○”이라 한다)으로부터 제시받은 외화획득용 원료 구매확인서에 의하여 와이퍼류를 판매하고, 그 공급가액에 대하여 영세율을 적용하여 세금계산서를 교부하고 2008년 1기 부가가치세 영세율 조기환급 신고를 하였다.

나. 처분청은 2008.8.18.~2008.8.29.까지 청구인에 대한 환급조사 결과, 청구인은 구매확인서가 발급되지 않은 상태에서 영세율세금계산서를 교부함으로써 세금계산서 발행 절차상 중대한 하자가 있는 것으로 보아 세금계산서불성실가산세를 적용하여 2008.10.9. 청구인에게 2008년 1기 부가가치세 99,571,680원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.12.29. 심판청구를 제기하였다.

 

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 영세율 적용대상 거래에 대하여 영세율세금계산서를 교부하였으며 수출자인 ○○○으로부터 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서를 발급받았으므로 세금계산서불성실가산세의 대상에 해당되지 아니함에도, 처분청이 세금계산서 발행일에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하고 구매확인서가 발급되는 시점에 영세율에 의한 수정세금계산서를 교부하지 아니하였다 하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다.

 

나. 처분청 의견

구매확인서가 발급되기 전에 재화를 공급하는 경우 일반세금계산서를 교부한 후 그 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급되면 영세율로 수정세금계산서를 교부하는 것으로, 청구인이 구매확인서 발급 전에 재화를 공급하면서 그 거래시기에 일반세금계산서를 교부하지 아니하고 영세율세금계산서를 교부한 것에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 당초처분은 정당하다.

 

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재화의 공급일이 속하는 날의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여, 당초 공급일에 일반세금계산서를 교부하지 아니하고 영세율세금계산서를 교부한 경우 세금계산서불성실가산세 부과 대상인지 여부

 

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제9조 (거래시기) ① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

1. 재화의 이동이 필요한 경우에는 재화가 인도되는 때

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

3. 제1호와 제2호의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 재화의 공급이 확정되는 때② 용역이 공급되는 시기는 역무가 제공되거나 재화ㆍ시설물 또는 권리가 사용되는 때로 한다.

 

제11조 (영세율적용) ① 다음 각호의 재화 또는 요역의 공급에 대하여는 영의 세율을 적용한다.

1. 수출하는 재화

2. 국외에서 제공하는 용역

3. 선박 또는 항공기의 외국항행용역

4. 제1호부터 제3호까지 외에 외화를 획득하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것

 

제16조 (세금계산서) ① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호 와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

 

제22조 (가산세) ② 사업자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때

③ 사업자가 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조 제1항의 규정에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 때

(2) 부가가치세법시행령 제24조 (수출의 범위) ① 법 제11조 제1항 제1호에 의한 수출은 다음 각호의 것으로 한다.

1. 내국물품(우리나라 선박에 의하여 채포된 수산물을 포함한다)을 외국으로 반출하는 것

② 법 제11조 제1항 제1호에 규정된 수출하는 재화에는 다음 각호의 재화가 포함되는 것으로 한다.

1. 사업자가 기획재정부령이 정하는 내국신용장 또는 구매확인서에 의하여 공급하는 재화(금지금은 제외한다)

 

제54조 (세금계산서의 교부특례) 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제16조 제1항에 따라 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 세금계산서를 교부할 수 있다.

1. 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일자로 하여 세금계산서를 교부하는 경우

제59조 (수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

 

(3) 부가가치세법시행규칙 제9조의2 (내국신용장등의 범위) ② 영 제24조 제2항 제1호 및 영 제26조 제1항 제2호의 2에서 규정하는 구매확인서라 함은「대외무역법 시행령」제38조의 2 및 제116조 제14항의 규정에 의하여 외국환은행의 장이 제1항의 내국신용장에 준하여 재화 또는 용역의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 발급하는 확인서로서 수출용 재화 또는 용역에 관한 수출신용장 등 근거서류 및 그 번호, 유효기일, 선적기일 등이 기재된 것을 말한다.

 

 

다. 사실관계 및 판단

(1) 2008.8.29. 처분청 조사공무원이 작성한 청구인에 대한 환급 현지확인조사서에 의하면, 영세율 적용을 위한 구매확인서 발급일 이전에 세금계산서를 교부하는 경우 먼저 일반세금계산서를 교부하고 구매확인서가 발급된 이후에 영세율세금계산서를 수정 교부하여야 함에도, 청구인은 구매확인서가 발급되지 않은 상황에서 영세율세금계산서를 교부함으로써 세금계산서 발행 절차상 중대한 하자가 발생한 것으로 조사되어 있고, 세금계산서불성실가산세 대상은 다음 <표>와 같다.

<표> 구매확인서 발급내역 및 처리결과표 중 가산세 대상금액

 

(2) 처분청은 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일을 경과하여 구매확인서가 사후 발급된 매출에 대하여는 매출일이 속하는 달에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하고, 구매확인서가 발급되면 감액수정세금계산서 교부 및 영세율세금계산서 교부 등의 조치를 하여야 함에도 청구인이 이와 같이 하지 아니하였다하여 가산세 대상금액 9,758,100천원에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과하고 있다.

(3) 청구인은 처분청이 세금계산서불성실가산세 대상으로 본 영세율세금계산서에 대해 재화의 공급일이 속하는 과세기간 종료후 20일 이내에 구매확인서를 발급받았으며, 세금계산서의 교부일에 이미 ○○○의 1차 구매확인서를 통하여 영세율 적용대상에 해당된다는 사실을 알고 있었고, 이러한 사실적 상황을 근거로 하여「부가가치세법」상 적법한 절차에 따라 영세율세금계산서를 교부하였으며, 영세율이 적용되는 수출재화의 공급에 대하여 일반세금계산서를 교부한 후 구매확인서가 발급되면 영세율수정세금계산서를 교부하는 것은 교부의 실익이 없음에도, 처분청이「부가가치세법 시행령」제59조(수정세금계산서 교부사유 및 교부절차)와 「부가가치세법」기본통칙 16-59-1(수정세금계산서 및 수정영수증작성교부)을 근거로 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 부당하다고 주장한다.

(4)「부가가치세법」제16조(세금계산서) 제1항의 규정에 의하면, 같은 법 제9조(거래시기)에 규정한 시기에 세금계산서를 교부하도록 규정하고 있고, 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등의 사유가 발생한 경우 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있도록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 제59조(수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 제4호에서 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부하는 것으로 규정하고 있다.

(5) 살피건대, 청구인은 재화를 공급하면서 거래처별로 1역월의 공급가액을 합계하여 당해 월의 말일자를 발행일로 하여 영세율세금계산서를 발행한 것으로 나타나는 바, 영세율세금계산서를 발행함에 있어서 당해 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 영세율관련서류인「대외무역법」에서 정하는 구매확인서가 발급된 경우 영세율세금계산서를 발행하여 교부하여야 함에도, 처분청의 조사내용과 같이 세금계산서불성실가산세 대상금액에 대해서는 재화의 공급일이 속하는 달의 다음달 10일까지 구매확인서를 교부받지 못한 상태에서 영세율세금계산서를 교부하고 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내의 기간에 구매확인서를 발급받은 것으로 나타난다.

2007.2.28. 대통령령 제19892호로 개정된「부가가치세법 시행령」제59조(수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 제4호에서 재화를 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우의 수정세금계산서 교부절차를 명확히 규정하고 있음을 볼 때, 동 규정은 ‘과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우에도 영세율을 적용해 주겠다’는 의미이지, ‘재화나 용역의 공급당시 구매확인서가 발부되어 있지 아니하여도 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급될 것을 전제로 영세율세금계산서를 미리 발행하거나, 구매확인서가 발급된 이후에 재화나 용역의 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발행할 수 있다’는 의미는 아니라고 판단된다.

따라서, 이 건과 같이 재화의 공급시기에 구매확인서가 발급되지 아니한 경우에는 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 먼저 교부하고, 재화의 공급시기가 속하는 과세기간의 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급되면「부가가치세법 시행령」제59조(수정세금계산서 교부사유 및 교부절차) 제4호에서 정하는 절차에 따라 영세율세금계산서로 수정 교부하는 것이 타당함에도 청구인은 이와 같이 하지 아니하였으므로, 처분청이 당초 재화의 공급시기에 일반세율에 의한 세금계산서를 교부하지 아니하고 영세율세금계산서를 교부한데 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

 

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

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출처 :국세청법령정보시스템

 

 

[세 목]

부가

[결정유형]

인용

[문서번호]

조심2011중0138 (2011.02.15)

[전심번호]

[제 목]

영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이다.(인용)

[요 지]

세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당하며, 처분청이 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 세금계산서기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이다.

[결정내용]

결정 내용은 붙임과 같습니다.

[관련법령]

부가가치세법 제16조【세금계산서】

부가가치세법 시행령 제70조의3 【가산세】

주 문

○○○세무서장이 2010.10.7. 청구법인에게 한 2009년 제2기 부가가치세 19,755,190원의 부과처분은 이를 취소한다.

이 유

1. 처분개요

가. 청구법인은 2009년 10월부터 12월까지 ○○○(주)(이하 “○○○”라 한다)에 종이류를 공급(총 32건 1,975백만원)하면서 영세율 세금계산서를 교부한 후, 동 금액을 영세율 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고하고 영세율 첨부서류를 기한 내에 처분청에 제출하였다.

나. 처분청은 구매확인서 발급일자는 2010.1.14.임에도 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서만을 교부한 것으로 보아 2010.10.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세(세금계산서불성실가산세) 19,755,190원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2010.12.22. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 재화의 공급시기에 정상적인 세금계산서를 발행 교부하였으며, 「부가가치세법 시행규칙」 제9조의2 규정에 적합한 구매확인서에 근거하여 영세율 세금계산서를 발행하였으므로 이는 사실과 부합한 세금계산서이고, 영세율 세금계산서를 교부할 때, 당초 교부한 일반 세금계산서를 없었던 것으로 하는 수정 세금계산서를 교부하여야 하나, 당초 교부한 일반 세금계산서를 회수 폐기하고 영세율 세금계산서를 교부한 후, 이를 근거하여 부가가치세를 신고하고 세금계산서 합계표를 제출한 것은 일부 절차가 생략되었을 뿐이며, 당해 영세율 세금계산서는 수정세금계산서 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우에 해당되지 아니하므로 세금계산서 불성실가산세 부과는 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 제출한 일반 세금계산서에는 공급받는 자의 도장이 찍혀있지 아니한 점, 매입처인 ○○○가 제출한 매입처별세금계산서합계표상 청구법인이 세금계산서를 수정 교부한 사실을 확인할 수 없는 점 등으로 볼 때, 청구법인은 당해 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서를 교부한 것으로 확인되고, 「부가가치세법 시행령」 제59조 제4호의 규정은 재화나 용역의 공급당시 구매확인서가 발부되어 있지 아니하여도 과세기간 종료일로부터 20일 이내에 구매확인서가 발급될 것을 전제로 영세율 세금계산서를 미리 발행하거나 구매확인서가 발급된 이후에 재화나 용역의 공급시기로 소급하여 세금계산서를 발행할 수 있는 것을 의미한 것이 아니므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 영세율 매출에 대하여 재화의 공급시기에 당초 일반 세금계산서를 교부하였는지 여부 및 일반 세금계산서를 교부한 경우에도 추가하여 당초 일반세금계산서 내용의 부의 세금계산서를 교부하지 아니하고 일반 세금계산서를 회수․폐기한 후 영세율 세금계산서를 교부한 것에 대하여 세금계산서불성실가산세를 부과할 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법

제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조의 시기(대통령령에서 시기를 다르게 정하는 경우에는 그 시기를 말한다)에 다음 각 호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다. 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호부터 제4호까지 외에 대통령령이 정하는 사항

제22조 【가산세】② 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우

③ 사업자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 공급가액(제2호의 경우에는 그 세금계산서에 기재된 금액을 말한다)에 대하여 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제16조에 따른 세금계산서를 교부하지 아니한 경우

(2) 부가가치세법 시행령

제59조 【수정세금계산서 교부사유 및 교부절차】법 제16조 제1항 후단에 따른 수정세금계산서는 다음 각 호의 사유 및 절차에 따라 교부할 수 있다.

4. 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 : 내국신용장 등이 개설된 때에 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다.

제70조의3 【가산세】② 법 제16조 제1항 및 제2항에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오나 과실로 기재되었으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정된 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2009년 10월부터 12월까지 ○○○에 종이류를 공급(총 32건 1,975백만원)하면서 영세율 세금계산서를 교부한 후, 동 금액을 영세율 과세표준에 포함하여 부가가치세를 신고하고 영세율 첨부서류를 기한 내에 처분청에 제출하였으나, 처분청은 구매확인서 발급일자는 2010.1.14.임에도 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서만을 교부한 것으로 확인하여 2010.10.7. 청구법인에게 2009년 제2기 부가가치세(세금계산서불성실가산세) 19,755,190원을 고지한 사실이 경정결의서 등에 나타난다.

(2) 청구법인은 재화의 공급시기에 정상적인 일반 세금계산서를 발행 교부하였으며, 당초 교부한 일반 세금계산서를 회수 폐기하고 교부한 영세율 세금계산서는 수정세금계산서 역할을 한 것으로 볼 수 있다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 「부가가치세법」 제16조 제1항은 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 공급시기에 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 하고, 이 경우 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오나 정정 등 대통령령이 정하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제59조 제4호는 재화 또는 용역을 공급한 후 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 내국신용장이 개설되었거나 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있다.

또한, 「부가가치세법」 제22조 제2항 제1호는 사업자가 제16조에 따라 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 경우에는 그 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제70조의3 제1항은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부한 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에는 법 제22조 제2항 제1호에 규정하는 사실과 다른 세금계산서로 보지 아니한다고 규정하고 있다.

(나) 청구법인이 ○○○에게 요청한 일반 세금계산서 폐기요청 공문에 의하면, 2010.1.14. 구매확인서 발급일 전 발행한 청구법인이 작성 교부하여 확인한 세금계산서를 회수․폐기하고자 한다고 되어 있다.

(다) ○○○의 사실확인서(2010.9.16.)에 의하면, ○○○는 청구법인으로부터 일반 세금계산서를 수령하였고 사후 구매확인서가 발급되어 일반 세금계산서는 청구법인이 회수하고 영세율 세금계산서를 교부받아 영세율 세금계산서만 신고하였다고 확인하고 있다.

(라) 청구법인이 교부한 후 폐기한 공급자 보관용 일반 세금계산서를 보면, 2009.10.6.～2009.12.31.까지 32건 1,975백만원의 일반 세금계산서를 발행한 것으로 나타나며, 공급자 보관용으로 공급받은 자의 도장은 날인되어 있지 아니하며, 청구법인이 교부한 영세율 세금계산서 및 ○○○가 다른 거래처로부터 받은 일반 세금계산서에도 공급받은 자의 도장은 날인되어 있지 아니한 것으로 나타난다.

(마) 위 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하면, 처분청은 청구법인이 당초 교부하였다고 한 일반 세금계산서에 공급받은 자의 도장이 날인되어 있지 아니하는 등 일반 세금계산서를 교부하지 아니하고 곧바로 영세율 세금계산서를 교부한 것으로 보아 세금계산서불성실가산세를 부과하였으나, 청구법인이 교부한 영세율 세금계산서에 공급받는 자의 도장이 날인되어 있지 아니한 점, ○○○가 다른 거래처로부터 받은 일반 세금계산서에도 공급받은 자의 도장인 날인되어 있지 아니한 점, 청구법인이 ○○○에 공문으로 일반 세금계산서의 회수․폐기를 요청한 점, ○○○가 청구법인으로부터 일반 세금계산서를 교부받았다고 확인하고 있는 점 등으로 보아, 청구법인이 당초 재화의 공급시기에 일반 세금계산서를 발행하여 ○○○에게 교부한 것으로 보인다.

또한, 「부가가치세법 시행령」 제59조 제4호는 재화의 공급시기가 속하는 과세기간 종료 후 20일 이내에 구매확인서가 발급된 경우 그 작성일자는 당초 세금계산서 작성일자를 기재하고 비고란에 내국신용장 개설일 등을 부기하여 영세율 적용분은 검은색 글씨로 세금계산서를 작성하여 교부하고, 추가하여 당초에 교부한 세금계산서의 내용대로 세금계산서를 붉은색 글씨로 또는 부(負)의 표시를 하여 작성하고 교부한다고 규정하고 있는 바, 원칙적으로는 당초 교부한 일반 세금계산서에 대하여는 이를 없었던 것으로 하는 부의 세금계산서를 교부하고 다시 영세율 세금계산서를 교부하여 부가가치세를 신고하여야 하나, 영세율 세금계산서만을 교부하고 이에 근거하여 부가가치세를 신고한 것은 일부 절차를 생략한 것에 불과하고, 또한 동 영세율 세금계산서는 수정세금계산서의 역할을 한 것으로 볼 수 있으므로 「부가가치세법」 제16조 제1항의 규정에 의한 세금계산서의 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 착오 또는 과실로 기재되지 아니하거나 사실과 다른 때에 해당하지 아니하고, 더불어 같은 법 시행령 제70조의3 제1항의 규정에 따라 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 기재되었으나 당해 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우에 해당한다 할 것이다○○○.

따라서, 처분청이 영세율 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 「부가가치세법」제22조 제2항의 규정에 의한 세금계산서기재불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.