조문출처: 법제처
조세특례제한법
제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제)
① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2012년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. 개정 2010.12.27, 2011.12.31
1. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 신성장동력산업 분야의 연구개발비(이하 이 조에서 "신성장동력연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 신성장동력연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
2. 연구·인력개발비 중 대통령령으로 정하는 원천기술을 얻기 위한 연구개발비(이하 이 조에서 "원천기술연구개발비"라 한다)에 대해서는 해당 과세연도에 발생한 원천기술연구개발비에 100분의 20(중소기업의 경우에는 100분의 30)을 곱하여 계산한 금액
3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하거나 제1호 및 제2호를 선택하지 아니한 내국인의 연구·인력개발비(이하 이 조에서 "일반연구·인력개발비"라 한다)의 경우에는 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액. 다만, 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 일반연구·인력개발비가 발생하지 아니한 경우에는 나목에 해당하는 금액
가. 해당 과세연도에 발생한 일반연구·인력개발비가 해당 과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40(중소기업의 경우에는 100분의 50)에 상당하는 금액
나. 해당 과세연도에 발생한 일반일반연구·인력개발비에 다음의 구분에 따른 비율을 곱하여 계산한 금액
1) 중소기업인 경우: 100분의 25
2) 중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우: 다음의 구분에 따른 비율
가) 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 15
나) 가)의 기간 이후부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지: 100분의 10
3) 1) 및 2)의 어느 하나에 해당하지 아니하는 경우: 다음 계산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)
100분의 3 + 해당 과세연도의 수입금액에서 일반연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1
② 제1항제3호에 따른 4년간의 일반연구·인력개발비의 연평균 발생액의 구분 및 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
③ 제1항을 적용받으려는 내국인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.
④ 제1항제1호 및 제2호를 적용받으려는 내국인은 일반연구·인력개발비와 신성장동력연구개발비, 원천기술연구개발비를 대통령령이 정하는 바에 따라 구분경리(區分經理)하여야 한다.
[전문개정 2010.1.1]
제10조의2(연구개발 관련 출연금 등의 과세특례)
① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구개발 등을 목적으로 「기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률」이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 법률에 따라 출연금 등의 자산(이하 이 조에서 "연구개발출연금등"이라 한다)을 받은 경우로서 대통령령으로 정하는 방법에 따라 해당 연구개발출연금등을 구분경리하는 경우에는 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있다. 개정 2011.3.9
② 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 금액은 다음 각 호의 방법에 따라 익금에 산입하여야 한다.
1. 연구개발출연금등을 해당 연구개발비로 지출하는 경우: 해당 지출액에 상당하는 금액을 해당 지출일이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하는 방법
2. 연구개발출연금등으로 해당 연구개발에 사용되는 자산을 취득하는 경우: 대통령령으로 정하는 방법에 따라 익금에 산입하는 방법
③ 제1항에 따라 연구개발출연금등에 상당하는 금액을 익금에 산입하지 아니한 내국인이 그 연구개발출연금등을 해당 연구개발 목적 외의 용도로 사용하거나 해당 연구개발에 사용하기 전에 폐업하거나 해산하는 경우 그 사용하지 아니한 금액은 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다. 다만, 합병하거나 분할하는 경우로서 합병법인 등이 그 금액을 승계한 경우는 제외하며, 그 금액은 합병법인 등이 제1항에 따라 익금에 산입하지 아니한 것으로 본다.
④ 제3항에 따라 익금에 산입할 금액에 대해서는 제33조제3항 후단을 준용한다.
⑤ 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용하는 경우 연구개발출연금등 익금불산입명세서의 제출과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 개정 2011.12.31
[전문개정 2010.1.1]
법인세법
제23조(감가상각비의 손금불산입)
① 고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 이 조에서 "상각범위액"이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다. 다만, 해당 내국법인이 법인세를 면제·감면받은 경우에는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비를 손금에 산입하여야 한다.
② 제1항 본문에도 불구하고 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 적용하는 내국법인이 보유한 고정자산 중 유형고정자산과 대통령령으로 정하는 내용연수가 비한정인 무형고정자산의 감가상각비는 개별 자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 금액이 제1항에 따라 손금에 산입한 금액보다 큰 경우 그 차액의 범위에서 추가로 손금에 산입할 수 있다.
1. 2013년 12월 31일 이전 취득분: 국제회계기준을 적용하지 아니하고 종전의 방식에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 경우 제1항 본문에 따라 손금에 산입할 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "종전감가상각비"라 한다)
2. 2014년 1월 1일 이후 취득분: 기획재정부령으로 정하는 기준내용연수를 적용하여 계산한 감가상각비 상당액(이하 이 조에서 "기준감가상각비"라 한다)
③ 제1항 및 제2항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산으로 한다.
④ 제1항 또는 제2항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 감가상각비에 관한 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.
⑤ 제1항 및 제2항을 적용할 때 감가상각비의 손금계상방법, 상각범위액을 초과하는 금액의 처리, 국제회계기준 적용 시기의 결정, 종전감가상각비 및 기준감가상각비의 계산 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.
[전문개정 2010.12.30]
법인세법시행령
제26조(상각범위액의 계산)
① 법 제23조제1항에서 "대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액"이란 개별 감가상각자산별로 다음 각 호의 구분에 따른 상각방법중 법인이 납세지 관할세무서장에게 신고한 방법에 의하여 계산한 금액(이하 "상각범위액"이라 한다)을 말한다. 개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2005.2.19, 2009.2.4, 2012.2.2
1. 건축물과 무형고정자산(제3호 및 제6호 내지 제8호의 자산을 제외한다):정액법
2. 건축물외의 유형고정자산(제4호의 광업용 유형고정자산을 제외한다):정률법 또는 정액법
3. 광업권(「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권을 포함한다):생산량비례법 또는 정액법
4. 광업용 유형고정자산:생산량비례법·정률법 또는 정액법
5. 삭제 2002.12.30
6. 개발비:관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 20년 이내의 기간내에서 연단위로 신고한 내용연수에 따라 매 사업연도별 경과월수에 비례하여 상각하는 방법
7. 사용수익기부자산가액:당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법
8. 「전파법」 제14조에 따른 주파수이용권, 「항공법」 제105조의2에 따른 공항시설관리권 및 「항만법」 제16조에 따른 항만시설관리권:주무관청에서 고시하거나 주무관청에 등록한 기간내에서 사용기간에 따라 균등액을 상각하는 방법
②제1항 각호의 규정에 의한 상각방법은 다음과 같다. 개정 2010.12.30
1. 정액법：당해 감가상각자산의 취득가액(제72조의 규정에 의한 취득가액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 균등하게 되는 상각방법
2. 정률법：당해 감가상각자산의 취득가액에서 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액(이하 "미상각잔액"이라 한다)에 당해 자산의 내용연수에 따른 상각률을 곱하여 계산한 각 사업연도의 상각범위액이 매년 체감되는 상각방법
3. 생산량비례법：당해 감가상각자산의 취득가액을 그 자산이 속하는 광구의 총채굴예정량으로 나누어 계산한 금액에 당해 사업연도의 기간중 그 광구에서 채굴한 양을 곱하여 계산한 금액을 각 사업연도의 상각범위액으로 하는 상각방법
③법인이 제1항의 규정에 의하여 상각방법을 신고하고자 하는 때에는 동항 각호의 구분에 의한 자산별로 하나의 방법을 선택하여 기획재정부령이 정하는 감가상각방법신고서를 다음 각호에 규정된 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 개정 2004.3.17, 2008.2.29
1. 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리법인은 그 영업을 개시한 날
2. 제1호외의 법인이 제1항 각호의 구분을 달리하는 고정자산을 새로 취득한 경우에는 그 취득한 날
④법인이 제3항의 규정에 의하여 상각방법의 신고를 하지 아니한 경우 당해 감가상각자산에 대한 상각범위액은 다음 각호의 상각방법에 의하여 계산한다. 개정 2001.12.31, 2002.12.30
1. 제1항제1호의 자산에 대하여는 정액법
2. 제1항제2호의 자산에 대하여는 정률법
3. 제1항제3호 및 제4호의 자산에 대하여는 생산량비례법
4. 제1항제6호의 자산에 대하여는 관련제품의 판매 또는 사용이 가능한 시점부터 5년동안 매년 균등액을 상각하는 방법
5. 제1항제7호 및 제8호의 자산에 대하여는 동호의 규정에 의한 방법
⑤법인이 제3항의 규정에 의하여 신고한 상각방법(상각방법을 신고하지 아니한 경우에는 제4항 각호에 규정한 상각방법)은 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 상각방법을 적용하여야 한다.
⑥상각범위액을 계산함에 있어서 감가상각자산의 잔존가액은 "0"으로 한다. 다만, 정률법에 의하여 상각범위액을 계산하는 경우에는 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액으로 하되, 그 금액은 당해 감가상각자산에 대한 미상각잔액이 최초로 취득가액의 100분의 5 이하가 되는 사업연도의 상각범위액에 가산한다.
⑦법인은 감가상각이 종료되는 감가상각자산에 대하여는 제6항의 규정에 불구하고 취득가액의 100분의 5와 1천원중 적은 금액을 당해 감가상각자산의 장부가액으로 하고, 동 금액에 대하여는 이를 손금에 산입하지 아니한다.
⑧제1항의 규정을 적용함에 있어서 법 제7조 및 법 제8조의 규정에 의한 사업연도가 1년 미만인 경우에는 상각범위액에 당해 사업연도의 월수를 곱한 금액을 12로 나누어 계산한 금액을 그 상각범위액으로 한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다.
⑨제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업연도 중에 취득하여 사업에 사용한 감가상각자산에 대한 상각범위액은 사업에 사용한 날부터 당해 사업연도종료일까지의 월수에 따라 계산한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다. 개정 2001.12.31
제26조의2(종전감가상각비의 계산 등)
① 법 제23조제2항제1호에 따른 자산은 법인이 2013년 12월 31일 이전에 취득한 감가상각자산으로서 「주식회사의 외부감사에 관한 법률」 제13조제1항제1호에 따른 회계처리기준(이하 "국제회계기준"이라 한다)을 최초로 적용한 사업연도의 직전 사업연도(이하 이 조에서 "기준연도"라 한다) 이전에 취득한 감가상각자산(이하 이 조에서 "기존보유자산"이라 한다) 및 기존보유자산과 동일한 종류(기획재정부령으로 정하는 감가상각자산 구분에 따른다. 이하 이 조에서 같다)의 자산으로서 기존보유자산과 동일한 업종(기획재정부령으로 정하는 업종 구분에 따르며, 해당 법인이 해당 업종을 국제회계기준 도입 이후에도 계속하여 영위하는 경우로 한정한다. 이하 이 조에서 같다)에 사용되는 것(이하 이 조에서 "동종자산"이라 한다)을 말한다.
② 법 제23조제2항제1호에 따른 감가상각자산에 대한 감가상각비는 제1호에 따른 금액의 범위에서 개별 자산에 대하여 법 제23조제2항에 따라 추가로 손금에 산입한 감가상각비를 동종자산별로 합한 금액이 제2호에 따른 금액을 초과하지 아니하는 범위(이하 이 조에서 "손금산입한도"라 한다)에서 손금에 산입한다.
1. 개별 자산의 감가상각비 한도: 다음 각 목의 금액
가. 국제회계기준을 최초로 적용한 사업연도의 직전 사업연도에 해당 자산의 동종자산에 대하여 감가상각비를 손금으로 계상할 때 적용한 상각방법(이하 "결산상각방법"이라 한다)이 정액법인 경우: 감가상각자산의 취득가액에 국제회계기준 도입 이전 상각률(이하 이 조에서 "기준상각률"이라 한다)을 곱하여 계산한 금액
나. 기준연도의 해당 자산의 동종자산에 대한 결산상각방법이 정률법인 경우: 미상각잔액에 기준상각률을 곱하여 계산한 금액. 이 경우 상각범위액의 계산에 관하여는 제26조제6항 단서를 준용한다.
2. 동종자산의 감가상각비 한도: 다음 각 목의 금액(0보다 작은 경우에는 0으로 본다)
가. 제1호가목의 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액(해당 사업연도에 법 제23조제1항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 동종자산의 취득가액 합계액 × 기준상각률) - 해당 사업연도에 동종자산에 대하여 법 제23조제1항에 따라 손금에 산입한 감가상각비 합계액
나. 제1호나목의 경우: 다음 산식에 따라 계산한 금액(해당 사업연도에 법 제23조제1항에 따라 감가상각비를 손금으로 계상한 동종자산의 미상각잔액 합계액 × 기준상각률) - 해당 사업연도에 동종자산에 대하여 법 제23조제1항에 따라 손금에 산입한 감가상각비 합계액
③ 제2항 각 호를 적용할 때 기준연도에 해당 자산의 동종자산에 대하여 감가상각비를 손금으로 계상하지 아니한 경우에는 기준연도 이전 마지막으로 해당 자산의 동종자산에 대하여 감가상각비를 손금으로 계상한 사업연도의 결산상각방법을 기준연도의 결산상각방법으로 한다.
④ 제2항 각 호를 적용할 때 기준상각률은 기준연도 및 그 이전 2개 사업연도에 대하여 각 사업연도별로 다음 각 호에 따른 비율을 구하고 이를 평균하여 계산한다. 이 경우 기준연도 및 그 이전 2개 사업연도 중에 법인이 신규 설립된 경우, 합병 또는 분할한 경우, 제27조에 따라 상각방법을 변경한 경우 또는 제29조에 따라 내용연수범위와 달리 내용연수를 적용하거나 적용하던 내용연수를 변경한 경우에는 그 사유가 발생하기 전에 종료한 사업연도는 제외하고 계산한다.
1. 제2항제1호가목의 경우: 동종자산의 감가상각비 손금산입액 합계액이 동종자산의 취득가액 합계액에서 차지하는 비율
2. 제2항제1호나목의 경우: 동종자산의 감가상각비 손금산입액 합계액이 동종자산의 미상각잔액 합계액에서 차지하는 비율
⑤ 법 제23조제2항, 이 조 제1항부터 제4항까지의 규정을 적용할 때 내국법인이 국제회계기준을 최초로 적용한 사업연도의 직전 사업연도에 국제회계기준을 준용하여 비교재무제표를 작성하고 비교재무제표를 작성할 때 사용한 상각방법 및 내용연수와 동일하게 해당 사업연도의 결산상각방법 및 결산내용연수를 변경한 경우에는 해당 사업연도에 국제회계기준을 최초로 적용한 것으로 본다.
⑥ 법인이 국제회계기준을 적용한 사업연도 및 그 후 사업연도에 적격합병, 적격분할 및 적격물적분할 또는 「조세특례제한법」 제37조제1항에 해당하여 양도하는 자산의 가액을 장부가액으로 한 자산의 포괄적 양도(이하 "자산의 포괄적 양도"라 한다)에 의하여 취득한 자산으로서 제1항에 해당하는 자산(이하 이 조에서 "적격합병등취득자산"이라 한다)의 감가상각비는 다음 각 호의 방법에 따라 손금에 산입할 수 있다. <개정 2012.2.2>
1. 동종자산을 보유한 법인 간 적격합병(적격분할에 해당하는 분할합병을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)한 경우 및 자산의 포괄적 양도에 의하여 동종자산을 취득한 경우: 합병등기일 또는 자산의 포괄적 양도일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도를 기준연도로 하여 제4항에 따라 해당 동종자산의 기준상각률을 재계산한 후 그 기준상각률을 적용하여 제2항에 따라 손금에 산입하는 방법. 이 경우 제4항 각 호를 적용할 때 동종자산의 감가상각비 손금산입액 합계액은 적격합병등취득자산을 양도한 법인(이하 이 조에서 "양도법인"이라 한다)과 양수한 법인(이하 이 조에서 "양수법인"이라 한다)이 해당 동종자산에 대하여 손금에 산입한 감가상각비를 더한 금액으로 하고, 동종자산의 취득가액 합계액은 양도법인과 양수법인이 계상한 해당 동종자산의 취득가액을 더한 금액으로 하며, 동종자산의 미상각잔액 합계액은 양도법인 및 양수법인이 계상한 해당 동종자산의 미상각잔액을 더한 금액으로 한다.
2. 동종자산을 보유하지 아니한 법인 간 적격합병한 경우, 자산의 포괄적 양도에 의하여 동종자산이 아닌 자산을 취득한 경우, 적격분할 또는 적격물적분할에 의하여 신설된 법인이 적격분할 또는 적격물적분할에 의하여 취득한 자산의 경우: 다음 각 목의 방법
가. 양도법인이 합병등기일, 분할등기일 또는 자산의 포괄적 양도일(이하 이 조에서 "합병등기일등"이라 한다)이 속하는 사업연도 이전에 국제회계기준을 적용하여 법 제23조제2항에 따라 해당 자산에 대한 감가상각비를 손금에 산입한 경우: 해당 자산에 대하여 양도법인이 이미 계산한 기준상각률을 적용하여 제2항에 따라 손금에 산입하는 방법
나. 가목 외의 경우: 합병등기일등이 속하는 사업연도의 직전 사업연도를 기준연도로 하고 적격합병등취득자산을 양수법인이 보유한 다른 자산과 구분하여 업종 및 종류별로 제4항에 따라 기준상각률을 새로 계산한 후 그 기준상각률을 적용하여 제2항에 따라 손금에 산입하는 방법. 이 경우 제4항 각 호를 적용할 때 동종자산의 감가상각비 손금산입액은 양도법인이 적격합병등취득자산에 대하여 손금에 산입한 감가상각비로 하고, 취득가액 및 미상각잔액은 각각 양도법인이 계상한 적격합병등취득자산의 취득가액 및 미상각잔액으로 한다
⑦ 제6항에 따라 적격합병등취득자산의 감가상각비를 손금에 산입하는 경우 제1항을 적용할 때 양도법인이 취득한 날을 적격합병등취득자산의 취득일로 보되, 양도법인이 합병등기일등이 속하는 사업연도 이전에 국제회계기준을 적용한 경우에는 양도법인의 기존보유자산과 동종자산이 아닌 자산에 대해서는 제6항을 적용하지 아니한다.
⑧ 제6항에 따라 적격합병등취득자산의 감가상각비를 손금에 산입하는 경우 제2항 각 호를 적용할 때 적격합병등취득자산의 취득가액은 양도법인의 취득가액으로 하고, 미상각잔액은 양도법인의 양도 당시의 장부가액(양도 당시의 시가에서 제80조의4제1항, 제82조의4제1항, 제84조제4항 또는 「조세특례제한법 시행령」 제35조제10항에 따른 자산조정계정을 뺀 금액을 말한다)에서 양수법인이 이미 감가상각비로 손금에 산입한 금액을 공제한 잔액으로 한다.
⑨ 제6항제1호 및 제2호에 따라 적격합병등취득자산의 기준상각률 및 손금산입한도를 계산할 때 양도법인 또는 양수법인의 결산상각방법이 국제회계기준을 최초로 적용한 사업연도 이후에 변경된 경우에는 변경되기 전 결산상각방법을 기준연도의 결산상각방법으로 하여 제2항 및 제4항을 적용하며, 제6항제1호를 적용할 때 법인 간 결산상각방법이 서로 다른 경우의 기준상각률 및 손금산입한도 계산방법은 기획재정부령으로 정한다.
⑩ 제6항에 따라 적격합병등취득자산의 감가상각비를 손금에 산입한 법인이 적격합병의 경우 법 제44조의3제3항, 적격분할의 경우 법 제46조의3제3항, 적격물적분할의 경우 법 제47조제2항, 자산의 포괄적 양도의 경우 「조세특례제한법」 제37조제6항(이하 이 조 및 제29조의2에서 "적격요건위반사유"라 한다)에 각각 해당하는 경우에는 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도 이후의 소득금액을 계산할 때 제6항을 최초로 적용한 사업연도 및 그 이후의 사업연도에 제6항을 적용하지 아니한 것으로 보고 감가상각비 손금산입액을 계산하며, 제1호의 금액에서 제2호의 금액을 뺀 금액을 적격요건위반사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입한다.
1. 제6항을 최초로 적용한 사업연도부터 해당 사업연도의 직전 사업연도까지 손금에 산입한 감가상각비 총액
2. 제6항을 최초로 적용한 사업연도부터 해당 사업연도의 직전 사업연도까지 제6항을 적용하지 아니한 것으로 보고 재계산한 감가상각비 총액
⑪ 제1항부터 제10항까지에서 규정한 사항 외에 기준상각률 및 손금산입한도의 계산에 필요한 사항은 기획재정부령으로 정한다.
[본조신설 2010.12.30]
제28조(내용연수와 상각률)
① 감가상각자산의 내용연수와 당해 내용연수에 따른 상각률은 다음 각호의 규정에 의한다. 개정 2001.12.31, 2002.12.30, 2008.2.29, 2010.12.30
1. 기획재정부령이 정하는 시험연구용자산과 제24조제1항제2호가목 내지 라목의 규정에 의한 무형고정자산
기획재정부령이 정하는 내용연수와 그에 따른 기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률(이하 "상각률"이라 한다)
2. 제1호 외의 감가상각자산(제24조제1항제2호바목부터 아목까지의 규정에 따른 무형고정자산은 제외한다)
구조 또는 자산별·업종별로 기준내용연수에 그 기준내용연수의 100분의 25를 가감하여 기획재정부령으로 정하는 내용연수범위(이하 "내용연수범위"라 한다)안에서 법인이 선택하여 납세지 관할세무서장에게 신고한 내용연수(이하 "신고내용연수"라 한다)와 그에 따른 상각률. 다만, 제3항 각 호의 신고기한내에 신고를 하지 아니한 경우에는 기준내용연수와 그에 따른 상각률로 한다.
②제1항의 규정을 적용함에 있어서 법 제6조의 규정에 의한 사업연도가 1년 미만인 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 내용연수와 그에 따른 상각률에 의한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되 1월 미만의 일수는 1월로 한다.
③법인이 제1항제2호의 규정에 의하여 내용연수를 신고하고자 하는 때에는 기획재정부령이 정하는 내용연수신고서를 다음 각호의 날이 속하는 사업연도의 법인세 과세표준의 신고기한까지 납세지 관할세무서장에게 제출(국세정보통신망에 의한 제출을 포함한다)하여야 한다. 개정 2004.3.17, 2008.2.29
1. 신설법인과 새로 수익사업을 개시한 비영리내국법인의 경우에는 그 영업을 개시한 날
2. 제1호외의 법인이 자산별·업종별 구분에 의한 기준내용연수가 다른 고정자산을 새로 취득하거나 새로운 업종의 사업을 개시한 경우에는 그 취득한 날 또는 개시한 날
④법인이 제1항제2호의 규정에 의하여 자산별·업종별로 적용한 신고내용연수 또는 기준내용연수는 그 후의 사업연도에 있어서도 계속하여 그 내용연수를 적용하여야 한다.
⑤제1항제2호 및 제3항의 규정에 의한 내용연수의 신고는 연단위로 하여야 한다.
법인세법시행규칙
제13조(감가상각자산의 구분 등) ① 영 제26조의2제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 감가상각자산 구분"이란 다음 각 호에 따른 자산 구분을 말한다.
1. 제15조제1항에 따른 자산으로서 별표 2에 따라 동일한 내용연수를 적용받는 자산
2. 영 제24조제1항제2호가목부터 라목까지에 따른 무형고정자산으로서 별표 3에 따라 동일한 내용연수를 적용받는 자산
3. 별표 5에 해당하는 자산으로서 같은 표에 따라 동일한 기준내용연수를 적용받는 자산
4. 별표 6에 따른 기준내용연수를 적용받는 자산
② 영 제26조의2제1항에서 "기획재정부령으로 정하는 업종구분"이란 별표 6의 중분류에 따른 업종구분을 말한다.
③ 영 제26조의2제2항 각 호를 적용할 때 기준연도에 동종자산에 대하여 감가상각비를 손금으로 계상할 때 정액법과 정률법을 모두 적용한 경우[영 제26조의2제6항제1호에 해당하는 경우로서 같은 조 제2항제1호가목에 따른 결산상각방법(이하 이 조 및 제14조에서 "결산상각방법"이라 한다)이 법인 간 다른 경우를 포함한다] 개별자산의 감가상각비 한도 및 동종자산의 감가상각비 한도는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 선택하여 계산한다. 이 경우 선택한 방법은 그 이후의 사업연도에도 계속하여 적용한다.
1. 다음 각 목에 따른 방법
가. 개별자산의 감가상각비 한도: 다음 산식에 따라 계산한 금액
(감가상각자산의 취득가액 × 결산상각방법이 정액법인 감가상각자산의 취득가액 비중 × 정액법 기준상각률) + (감가상각자산의 미상각잔액 × 결산상각방법이 정률법인 감가상각자산의 취득가액 비중 × 정률법 기준상각률)
나. 동종자산의 감가상각비 한도 : 다음 산식에 따라 계산한 금액
(동종자산의 취득가액 합계 × 결산상각방법이 정액법인 감가상각자산의 취득가액 비중 × 정액법 기준상각률) + (동종자산의 미상각잔액 합계 × 결산상각방법이 정률법인 감가상각자산의 취득가액 비중 × 정률법 기준상각률)
2. 결산상각방법이 정액법인 감가상각자산과 정률법인 감가상각자산 중 취득가액 비중이 더 큰 감가상각자산의 결산상각방법을 기준연도의 결산상각방법으로 보고 영 제26조의2제2항에 따라 개별자산의 감가상각비 한도 및 동종자산의 감가상각비 한도를 계산하는 방법
④ 제3항을 적용할 때 정액법 기준상각률 및 정률법 기준상각률은 해당 사업연도에 결산상각방법이 정액법인 자산 및 정률법인 자산에 대하여 영 제26조의2제4항에 따라 각각 계산한 기준상각률을 말한다.
⑤ 영 제26조의2제2항 각 호 및 같은 조 제4항 각 호를 적용할 때 사업연도 중에 취득한 감가상각자산 및 사업연도 중에 처분한 감가상각자산의 취득가액 및 미상각잔액은 각각 그 취득가액 및 미상각잔액에 해당 감가상각자산을 사업에 사용한 월수를 사업연도의 월수로 나눈 금액을 곱하여 계산한다. 이 경우 월수는 역에 따라 계산하되, 1월 미만의 일수는 1월로 한다.
[전문개정 2011.2.28]
제13조의2(기준내용연수)
법 제23조제2항제2호 및 영 제26조의3에서 "기획재정부령으로 정하는 기준내용연수"란 영 제28조제1항제1호의 감가상각자산의 경우에는 별표 2 및 별표 3에 따른 내용연수를, 영 제28조제1항제2호의 감가상각자산의 경우에는 별표 5 및 별표 6에 따른 기준내용연수를 말한다.
[본조신설 2011.2.28]
제14조(감가상각방법의 변경)
영 제27조제1항제5호에서 "기획재정부령으로 정하는 회계정책의 변경"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 개정 2012.2.28
1. 국제회계기준을 최초로 적용한 사업연도에 결산상각방법을 변경하는 경우
2. 국제회계기준을 최초로 적용한 사업연도에 지배기업의 연결재무제표 작성 대상에 포함되는 종속기업이 지배기업과 회계정책을 일치시키기 위하여 결산상각방법을 지배기업과 동일하게 변경하는 경우
[본조신설 2011.2.28]
제15조(내용연수와 상각률) ① 영 제28조제1항제1호의 규정에서 "기획재정부령이 정하는 시험연구용자산"이라 함은 별표 2에 규정된 자산을 말한다. 개정 2008.3.31
②영 제28조제1항제1호에서 "기획재정부령이 정하는 내용연수"라 함은 별표 2 및 별표 3에 규정된 내용연수를 말하고, 동호에서 "기획재정부령이 정하는 상각방법별 상각률"이라 함은 별표4에 규정된 상각률을 말한다. 개정 2008.3.31
③영 제28조제1항제2호에서 "기획재정부령으로 정하는 내용연수범위"란 별표 5 및 별표 6에 규정된 내용연수범위를 말한다. 개정 2008.3.31, 2011.2.28
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[별표 2] 시험연구용자산의 내용연수표(제15조제1항 및 제2항관련) | ||
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자산범위 |
자산명 |
내용연수 |
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1. 새로운 지식이나 기술의 발견을 위한 실험연구시설 2. 신제품이나 신기술을 개발할 목적으로 관련된 지식과 경험을 응용하는 연구시설 3. 신제품이나 신기술과 관련된 시제품, 원형, 모형 또는 시험설비등의 설계, 제작 및 시설을 위한 설비 4. 새로운 기술에 수반되는 공구, 기구, 금형 등의 설계 및 시험적 제작을 위한 시설 5. 직업훈련용 시설 |
(1) 건물부속설비 (2) 구축물 (3) 기계장치 |
5년 |
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(4) 광학기기 (5) 시험기기 (6) 측정기기 (7) 공구 (8) 기타 시험연구용 설비 |
3년 | |
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1. 시험연구용 자산중 조세특례제한법 제11조의 규정에 의하여 기술 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제를 이미 받은 자산에 대하여는 이 내용연수표에 의한 감가상각비를 손금에 산입할 수 없다. 2. 법인이 시험연구용자산에 대하여 이 내용연수표를 적용하지 아니하고자 하는 경우에는 별표 5 건축물등의 기준내용연수 및 내용연수범위표 또는 별표 6 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표를 적용하여 감가상각비를 손금에 산입할 수 있다. | ||
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[별표 3] <개정 2007.12.5> | ||
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무형고정자산의 내용연수표(제15조제2항관련) | ||
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구분 |
내용연수 |
무형고정자산 |
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1 |
5년 |
영업권, 디자인권, 실용신안권, 상표권 |
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2
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10년
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특허권, 어업권, 「해저광물자원 개발법」에 의한 채취권(생산량비례법 선택적용), 유료도로관리권, 수리권, 전기가스공급시설이용권, 공업용수도시설이용권, 수도시설이용권, 열공급시설이용권 |
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3 |
20년 |
광업권(생산량비례법 선택적용), 전신전화전용시설이용권. 전용측선이용권, 하수종말처리장시설관리권, 수도시설관리권 |
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4 |
50년 |
댐사용권 |
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[별표 6] <개정 2011.2.28>
업종별자산의 기준내용연수 및 내용연수 범위표(제15조제3항 관련) | |||
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구분 |
기준내용연수 및 내용연수범위 (하한～상한) |
적용대상자산(다음에 규정된 한국표준 산업분류상 해당업종에 사용되는 자산) | |
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대분류 |
중분류 | ||
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농업, 임업 및 어업 |
01. 농업. 다만, 과수의 경우에는 구분 5(15년∼25년)를 적용한다. 02. 임업 | ||
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1 |
5년 (4년～6년) | ||
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광업 |
05. 석탄, 원유 및 천연가스 광업 | ||
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제조업 |
18. 인쇄 및 기록매체복제업 21. 의료용 물질 및 의약품 제조업 26. 전자부품, 컴퓨터, 영상, 음향 및 통신장비 제조업. 다만, 마그네틱 및 광학 매체 제조업(2660)은 구분 2(6년∼10년)를 적용하고, 전자코일, 변성기 및 기타 전자유도자 제조업(26295) 및 유선 통신장비 제조업(26410) 중 중앙통제실 송신용 침입 및 화재경보 시스템 제조는 구분 3(8년～12년)을 적용한다. | ||
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하수ㆍ폐기물 처리, 원료재생 및 환경복원업 |
37. 하수ㆍ폐수 및 분뇨 처리업 38. 폐기물 수집운반, 처리 및 원료재생업. 다만, 금속 및 비금속원료 재생업(3830) 중 재생용 금속ㆍ비금속 가공원료 생산업은 구분 3(8년～12년)을 적용한다. 39. 환경 정화 및 복원업 | ||
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건설업 |
41. 종합건설업 42. 전문직별 공사업 | ||
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도매 및 소매업 |
45. 자동차 및 부품 판매업 46. 도매 및 상품중개업 47. 소매업(자동차는 제외한다) | ||
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운수업 |
49. 육상 운송 및 파이프라인 운송업. 다만, 철도운송업(491) 및 도시철도 운송업(49211)은 구분 5(15년∼25년)를 적용하고 택배업(49402) 중 택배 및 늘찬 배달업(49402)은 구분 2(6년∼10년)를 적용한다. | ||
|
출판, 영상, 방송통신 및 정보 서비스업 |
58. 출판업 59. 영상ㆍ오디오 기록물 제작 및 배급업 60. 방송업 62. 컴퓨터 프로그래밍, 시스템 통합 및 관리업 63. 정보서비스업 | ||
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금융 및 보험업 |
64. 금융업 65. 보험 및 연금업 66. 금융 및 보험관련 서비스업 | ||
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부동산업 및 임대업 |
68. 부동산업 69. 임대업(부동산은 제외한다) | ||
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전문, 과학 및 기술 서비스업 |
70. 연구개발업 71. 전문 서비스업 72. 건축기술, 엔지니어링, 기타 과학기술 서비스업 73. 기타 전문, 과학 및 기술 서비스업 | ||
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사업시설관리 및 사업지원 서비스업 |
74. 사업시설관리 및 조경 서비스업 75. 사업지원 서비스업. 다만, 여행사 및 기타 여행 보조 서비스업(752)은 구분 2(6년∼10년)를 적용한다. | ||
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공공행정, 국방 및 사회보장행정 |
84. 공공행정, 국방 및 사회보장행정 | ||
|
교육서비스업 |
85. 교육서비스업 | ||
|
보건업 및 사회복지 서비스업 |
86. 보건업 87. 사회복지사업 | ||
|
예술, 스포츠 및 여가 관련 서비스업 |
90. 창작, 예술 및 여가 관련 서비스업 91. 스포츠 및 오락 관련 서비스업 | ||
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협회 및 단체, 수리 및 기타 개인 서비스업 |
94. 협회 및 단체 95. 수리업 96. 기타 개인 서비스업 | ||
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가구내 고용활동 및 달리 분류되지 않은 자가소비 생산활동 |
97. 가구내 고용활동 98. 달리 분류되지 않은 자가소비를 위한 가구의 재화 및 서비스 생산활동 | ||
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국제 및 외국기관 |
99. 국제 및 외국기관 | ||
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2 |
8년 (6년～10년) |
제조업 |
14. 의복, 의복 액세서리 및 모피제품 제조업. 다만, 편조의복 제조업(143) 및 편조의복 액세서리 제조업(1441)은 구분 3(8년～12년)을 적용한다. 19. 코크스, 연탄 및 석유정제품 제조업. 다만, 코크스 및 연탄 제조업(1910) 중 연탄, 갈탄ㆍ토탄의 응집 유ㆍ무연탄 및 기타 유ㆍ무연탄 제조는 구분 1(4년～6년)을 적용한다. 20. 화학물질 및 화학제품 제조업(의약품은 제외한다). 다만, 살충제 및 기타 농약 제조업(2041)은 구분 1(4년∼6년)을 적용하고, 화약 및 불꽃제품 제조업(20494) 중 성냥 제조는 구분 3(8년～10년)을 적용한다. |
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운수업 |
52. 창고 및 운송관련 서비스업 | ||
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숙박 및 음식점업 |
55. 숙박업 56. 음식점 및 주점업 | ||
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출판, 영상, 방송통신 및 정보서비스업 |
61. 통신업 | ||
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3 |
10년 (8년～12년) |
농업, 임업 및 어업 |
03. 어업. 다만, 내수면 양식 어업(03212) 중 수생파충류 및 개구리 양식은 구분 1(4년～6년)을 적용한다. |
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광업 |
06. 금속광업 07. 비금속 광물광업(연료용을 제외한다). 다만, 그 외 기타 비금속광물 광업(0729) 중 토탄 채굴은 구분 1(4년∼6년)을 적용한다. 08. 광업 지원 서비스업. 다만, 원유 및 천연가스 채굴관련 서비스업(08010) 및 기타 광업지원 서비스업(08090) 중 채굴목적 광물탐사활동, 유ㆍ무연탄 채굴 지원 서비스 및 갈탄 및 토탄 채굴 지원 서비스는 구분 1(4년～5년)을 적용한다. | ||
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제조업 |
10. 식료품 제조업 11. 음료 제조업 13. 섬유제품 제조업(의복을 제외한다). 다만, 섬유제품 염색, 정리 및 마무리 가공업(134)은 구분 2(6년∼10년)를 적용한다. 15. 가죽, 가방 및 신발제조업. 다만, 원피가공 및 가죽제조업(1511)은 구분2(6년∼10년)를 적용한다. 16. 목재 및 나무제품제조업(가구는 제외한다) 17. 펄프, 종이 및 종이제품 제조업 22. 고무제품 및 플라스틱제품 제조업 23. 비금속 광물제품 제조업. 다만, 기타 산업용 유리제품 제조업(23129) 중 평판 디스플레이용 유리의 제조업과 브라운관용 벌브유리의 제조업은 구분 1(4년～6년)을 적용한다. 24. 1차 금속 제조업. 다만, 기타 비철금속 제련, 정련 및 합금 제조업(24219) 중 우라늄 제련 및 정련업은 구분 2(6년～10년)를 적용한다. 25. 금속가공제품 제조업(기계 및 가구는 제외한다) 27. 의료, 정밀, 광학기기 및 시계 제조업 28. 전기장비 제조업 29. 기타 기계 및 장비 제조업 30. 자동차 및 트레일러 제조업 31. 기타 운송장비 제조업 32. 가구 제조업 33. 기타 제품 제조업 | ||
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4 |
12년 (9년～15년) |
제조업 |
12. 담배제조업 |
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운수업 |
50. 수상 운송업. 다만, 외항화물운송업(50112)은 구분 5(15년∼25년)를 적용한다. 51. 항공 운송업 | ||
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5 |
20년 (15년～25년) |
전기, 가스, 증기 및 수도사업 |
35. 전기, 가스, 증기 및 공기조절 공급업 36. 수도사업 |
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비고 1. 이 표는 별표 3이나 별표 5의 적용을 받는 자산을 제외한 모든 감가상각자산에 대하여 적용한다. 2. 내용연수범위가 서로 다른 2 이상의 업종에 공통으로 사용되는 자산이 있는 경우에는 그 사용기간이나 사용정도의 비율에 따라 사용비율이 큰 업종의 기준내용연수 및 내용연수범위를 적용한다. | |||
[별표 2] 시험연구용자산의 내용연수표(제15.hwp
글의출처 : http://blog.daum.net/excelyoon/73
판례소개
출처: 조세심판원
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[주 문]
OO세무서장이 2009.9.10. 청구법인에게 한 2004사업연도 법인세 89,480,800원, 2005사업연도 법인세 13,225,450원, 2006사업연도 법인세 33,993,160원, 2007사업연도 법인세 260,403,520원 및 2008사업연도 법인세 89,857,100원의 부과처분은 2,621,309,923원(2004년 515,294,191원, 2005년 402,621,684원, 2006년 483,822,588원, 2007년 587,014,078원, 2008년 632,557,382원)을 「조세특례제한법」 제10조의 규정에 의한연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비로 하여 그 과세표준및 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요
가. 청구법인은 2000년 설립하여 인터넷 온라인 교육사업을 영위하고있는 법인사업자로 2003년 9월 「기술개발촉진법」에 따른 기업부설연구소인 교육공학연구소(이하 “쟁점연구소”라 한다)를 설립하여 2004 ～ 2008사업연도 기간 중 쟁점연구소에 소속된 연구원의 인건비27억 9,556만원(2004년 5억 4,200만원, 2005년 4억 3,108만원, 2006년5억1,413만원, 2007년 6억 2,106만원, 2008년 6억 8,727만원이고, 합계 27억 9,554만원이고, 이하“쟁점인건비”라 한다)에 대하여 2004 ～ 2008사업연도 법인세 신고시 419,334,245원(2004년 81,114,802원,2005년 64,662,543원, 2006년77,120,639원, 2007년 93,159,306원, 2008년103,090,964원, 합계419,148,254원이고, 이하 “쟁점세액”이라 한다)을 「조세특례제한법」 제10조에 의한세액공제액으로 신고하였다.
나. 2009년 6월 OOOOOOOO은 청구법인에 대한 세무조사결과, 쟁점연구소의 연구원이 연구활동에만 전담하지 아니하고 청구법인의 영업과 관련된 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보고 쟁점인건비가「조세특례제한법」 제10조에 의한연구 및 인력개발비 세액공제대상이 아닌 것으로 보아 쟁점세액을 불공제하여 2009.9.10. 청구법인에게 2004사업연도 법인세 89,480,800원, 2005사업연도 법인세 13,225,450원, 2006사업연도 법인세 33,993,160원, 2007사업연도 법인세 260,403,520원, 2008사업연도 법인세 89,857,100원을 경정·고지하였다.
다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.17. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
가. 청구법인 주장
청구법인은 2000년 설립 이후 30여개 이상의 OOO(OOOOOOOOOO) 시스템을 개발하여 왔고, 2003.9.30. OOOOOOOOOOO OOOOOOO인 쟁점연구소를 인증받았으며, 쟁점연구소의 기술개발을 통해 국책기술개발사업자로 선정되는 등 단순한 교육서비스업이 아닌 기술혁신형 중소기업으로 인정받는 등 지속적인 연구개발 활동을 통하여OOO 시스템을 발전·완성시켜 정부기관으로부터 우수기업으로 선정되었는 바, OOOOO은 교육에 대한 이해 및 교육컨텐츠 못지않게 IT기술력이 산업경쟁력을 좌우하는 기술집약적산업으로 단순히 홈페이지를 제작·판매하는 전자상거래 수준이 아니라 저작툴, 학습서비스시스템(LMS), 디지털콘텐츠 관리시스템(LCMS),보안, 세계표준규격 및 정부정책 등 다양한 기술과 규범이 융합된서비스기술산업이다.
그러나, 처분청은 일부 불명확하고 객관적인 근거가 없는 사례를 이유로 전체 연구인력이 연구개발업무 외에 일상적인 전산시스템의 유지보수 업무, 기업체 및 공공기관의 단체 인터넷강의 수주에 따른 전산작업, 모의고사, 수강생 관리, 강의 모집안내,배너제작, 전산장비 관리업무 등을 하고 있어 연구개발 외에 일상적인영업활동의 지원업무를 겸임하고 있다고 보고 모든 연구 및 인력개발비를 세액공제대상에서 부인하였으나, 이는 청구법인의 사업특성을 고려하지 않은 일방적인 해석으로 이는 청구법인의 업무일지 기록사항에 대한 오해에서 비롯된 것으로 연구소 고유의 연구활동의 일환에 해당되는 업무이다.
예를 들어, 처분청은 세무조사시 유치한 쟁점연구소 개발팀 등의 업무일지상의 법인연수원 개편 중 평가구현(OO OOO), OOOO(OO OOO) 등의 내용에 대하여 영업활동 등의 지원업무를 겸임한 것으로 보았으나, 동 일지에 기록된 ‘평가구현’은 평가업무를 대행한 것이 아니라 학습자가 온라인에서 시험을 볼 수 있도록 온라인 평가모듈을 개발하여 강의별 온라인평가를 할 수 있는 시스템을 구현제공한다는 의미를 축약해서 기록한 것이고, ‘주문취소’는 주문취소 업무를담당한 것이 아니라 법인연수원 사이트에서 학습자가 신청한 주문을 취소하는 경우 수강신청 취소와 택배사에 기배송한 교재회수를 연동할 수 있도록 모듈을 개발하는 업무를 축약해서 기록한 것이며,
개발1·2팀의 업무일지 등에 사용한 운영 또는 유지보수업무는 사전적인 의미의 운영, 유지보수 업무가 아닌 기존 온라인 교육시스템의 기능 추가, 업그레이드, 버전업 등을 위한 개발업무를 의미하고, 개발팀에서 운영 또는 유지보수란 표현을 사용한 것은 신규 프로그램 개발활동과 구분하기 위해 사용한 용어일 뿐이며, 실질 내용은 기존 개발 프로그램의 추가 개발활동을 의미하는 것으로 이는 연구소 고유의 개발활동으로 보는 것이 타당한 바, 예를 들어2007년 5월 업무보고서상 “지원”으로 표시된 업무는 관리팀이 주로 사용하는 내부관리시스템 OOOOOOOOO의 기능개선 및 오류수정 작업으로 기존 개발시스템을 업그레이드하는 업무이다.
일반 제조업의 경우 제품개발 기간이 장기간이고 개발된 제품의 수명주기가 수년간 유지되나, 온라인 교육산업의 경우 온라인 교육 콘텐츠의 수명주기가 길어야 1년여이고(각종 수험서들의 경우 매년 관련 법규 및 내용이 변경되어 개정판이 출시됨), 교육 컨텐츠와 관련 인터넷, 보안 등 전산환경이 수시로 변경되므로 온라인 교육콘텐츠를 변경 및 재작성하기 위한 시스템 개발도 수시로 이루어지고 있는 바, 청구법인의 온라인 교육사업의 특성상 개발업무가 IT기술에 기반을 두고 있어 급격한 변화와 빠른 상호대응을 필요로 하고 있어 시스템 개발업무는 이를 현장매출업무에 실시간으로 반영하기 위하여 서로가 밀접한 관계를 맺고 있다.
「조세특례제한법」상 연구의 정의는 「기술개발촉진법」 제2조 제1호의 기술개발을 말하는 것으로 동 규정에 의하면 기술개발이라 함은 신기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며,시범제작 및 공업화 중간시험과정까지를 포함한다고 되어 있는 바, 청구법인의 경우 개발결과가 타당한지를 점검하는 과정에서 진행되는 업무도 이에 포함된다고 할 것이므로 쟁점연구소의 연구원이 자신의 개발결과가 타당한지 여부를 점검하는 과정에서 다른 업무의 과정에 일부 관여하였다 하더라도 이를 이유로 동 연구원이 연구 개발활동에 전념하지 아니하였다고 보기는 어려운 것이다.
인터넷 교육시장은 교육컨텐츠와 IT기술의 변동이 급격하여 LMS(학습관리시스템)시스템이 계속 개발을 통해 업그레이드 되어야 하고 이러한 시스템 진화의 일환으로 영업부서에서의 요청들을 시스템상 자동으로 처리하기 위한 일반화 및 시스템화 작업이 필요한 바, 예를 들어, 게시판 작업의 경우에도 영업부서의 요청이 있을 시 연구개발자가 해당 게시판을 일일이 작업하여 만드는 것이 아니라 게시판 시스템을 추가 개발하여 영업부서의 담당자가 게시판을 생성할 수 있도록 하는 것이고 현실적으로도 수천 개의 게시판을 개발자가 일일이 만들어 낼 수는 없다.
이와 같이 처분청은 청구법인의 내부서류 수만 건을 예치·조사하여 그 중 업무일지 등 일부서류상 기재된 명칭만을 제시하며 실제 연구활동을 하지 않았을 것이라는 막연한 추정에 의해 부당하게 과세하였으므로 이 건 연구 및 기술개발비 세액공제를 부인하여 과세한 처분은 취소하여야 한다.
나. 처분청 의견
청구법인은 연구소 업무보고 등의 내부 문건상 “지원 또는 유지보수”라는 용어는 연구소 내부에서 사용되는 용어로 시스템의 기능개선, 오류수정을 의미한다는 등으로 주장하나 쟁점연구소 운영현황은 기업체(법인)의 단체 인터넷 동영상강의를 지원하는 개발 1팀(B2B),일반 개인들의 인터넷 동영상강의를 지원하는 개발 2팀(B2C), 오프라인학원교육과정을 지원하는 개발 3팀, 인터넷동영상 강의 홈페이지를관리하는 디자인팀, 회사 전체의 전산을 관리하는 전산운용팀으로 운영하고 있으며 연구소 조직을 필요에 따라 유기적으로 변경하고 있다.
세무조사시 확보한 쟁점연구소의 소장 및 개발1, 2, 3팀장, 전산운영팀장, 디자인팀장의 2004년 ～ 2008년 기간 중 주간 및 월간업무보고서, 리소스투입보고서 등의 각종 보고서에 의하면, 개발팀은 연구개발 업무 외에 인터넷 동영상 강의영업을 위한 일상적인 전산시스템 유지보수 업무, 기업체 및 공공기관의 단체 인터넷강의 수주에 따른 전산작업, 법인거래처의 요청사항 수정업무, 모의고사, 수강생관리 지원업무 등을 하고 있고,
디자인팀은 고유디자인 개발이 아닌 인터넷 동영상강의 홈페이지상에 강의모집안내, 베너제작, 수정, 삭제, 강사이미지작업, 교육과정소개, 모의고사 시험안내 공지사항게시 등 인터넷동영상강의 영업과 관련된 일상적인 업무를 수행하고 있고, 전산운영팀은 청구법인 내의컴퓨터 서버, 범용 소프트웨어, 종업원의 개인용 PC, 프린터 등 전산장비 관리업무를 주로하고 있어 연구개발 외에 일상적인 영업활동의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 나타나는 등 쟁점연구소의 연구원들이 그 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비로 세액공제를 받기 위한 필수요건인 연구개발 활동에만 전담하지 않고 영업활동과 관련된 지원 업무를 겸임하고 있음이 확인된다.
또한, 세무조사시 예치·확보한 청구법인의 내부문서 “2007-新내부통제관리(2007-6-5)”에 의하면 ‘연구소 신고관리에 대하여, 연 7천～8천만원의 연구인력개발비 세액공제로 가장 큰 세무 Risk’, ‘문서및 관리시스템이 연구소체계로 되어 있어야 하나 그렇지 못함’, ‘몇 번의 조직개편으로 현재는 연구소 인원이 전 부서로 뿌려져 있는 상태로 전면개편이 필요’, ‘연구개발과제 및 리소스관리에 대한 문서관리도 필요’ 하다고 기술되어 있는 등 연구 및 인력개발비 세액공제 요건을 갖추지 못하였음을 인정하고 향후 관리의 필요성을 강조하고 있으며, “연구소 실사대비 숙지사항”이라는 청구법인 내부문건에서도 연구소는 사이트 구축이나 교육팀 지원업무를 하는 것으로 기재되어 있다.
따라서, 청구법인이 쟁점연구소 연구원의 인건비에 대하여 연구 및 인력개발비 세액공제를 받기 위해서는 「조세특례제한법 시행령」 제9조 제2항 〔별표〕6 에 의하여 연구원이 연구개발에만 전담하여야 하나 청구법인의 영업활동과 관련된 지원업무를 겸직하고 있으므로 연구 및 인력개발비세액을 불공제한 이 건 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
가. 쟁 점
청구법인의 기업부설연구소의 연구원들이 실제 연구개발이 아닌 영업활동과 관련된 지원업무를 겸직한 것으로 보아 동 연구소의 소속 연구원들에 대한 인건비 지출액을 전액 연구 및 인력개발비 세액공제 대상이 아닌 것으로 보아 불공제한 처분의 당부
나. 관련법령 등
(1) 조세특례제한법 제10조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】① 내국인(도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성 서비스업을 영위하는 내국인을 제외한다)이 2009년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용중 대통령령이 정하는 비용(이하 “연구 및 인력개발비”라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호에 따른 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다. 1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액 가. 당해 과세연도에 발생한 연구 및 인력개발비에 100분의 15를 곱하여 계산한 금액
(2) 조세특례제한법 시행령 제9조【연구 및 인력개발비에 대한 세액공제】② 법 제10조 제1항 본문에서 “대통령령이 정하는 비용”이라 함은 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중〔별표〕6의 비용을 말한다.
OOO OOOOOOOOOO OOOOO OOOO OO(OOO OOO OO)
(3) 조세특례제한법 시행규칙 제7조 【연구 및 인력개발비의 범위】 ① 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목에서 “전담부서”라 함은 「기술개발촉진법 시행규칙」 제7조에 따라 인정받은 기업부설연구소와 동 규칙 제8조에 따라 과학기술부장관에게 신고한 기업내의 연구개발전담부서(이하 “전담부서”라 한다)를 말한다. ② 영 제9조 제2항에 따른 영 별표 6의 제1호 가목 ①에서 “재정경제부령이 정하는 자” 라 함은 과학기술분야의 연구업무에 종사하는 연구요원 및 이들의 연구업무를 직접적으로 지원하는 자(주주인 임원으로서 영 제13조 제8항 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한다)를 말한다.
(4) 기술개발촉진법 제2조 【정의】 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 1. “기술개발” 이라 함은 산업기술의 연구 및 그 성과를 이용하여 재료ㆍ제품ㆍ장치시스템 및 공정 등에 적용할 수 있는 새로운 방법을 찾아내는 활동을 말하며, 시범제작 및 공업화 중간시험의 과정까지를 포함한다.
제7조【특정연구개발사업의 추진 등】 ① 과학기술부장관은 핵심산업기술을 중점적으로 개발하기 위한 연구개발사업(이하 “특정연구개발사업”이라 한다)에 관한 계획을 수립하고, 연도별로 연구과제를 선정하여 이를 다음 각호의 기관 또는 단체와 협약을 맺어 연구하게 할 수 있다. 이 경우 제2호의 기관 중 대표권이 없는 기관에 대하여는 그 기관이 속한 법인의 대표자와 협약할 수 있다. 2. 연구인력ㆍ시설 등 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소(이하 “기업연구소”라 한다)
(5) 기술개발촉진법 시행령 제15조 【특정연구개발사업 참여기관 등의 기준】 ① 법 제7조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 기준에 해당하는 기업부설연구소”라 함은 다음 각호의 구분에 따른 연구전담요원을 늘 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관으로서, 과학기술부령이 정하는 사항을 신고하여 과학기술부장관의 인정을 받은 기관을 말한다. 이 경우 과학기술부장관이 연구과제의 특수성 또는 기업의 규모를 고려하여 필요하다고 인정하는 때에는 연구전담요원의 수를 조정할 수 있다. 1. 중소기업기본법 제2조의 규정에 의한 중소기업자가 설립한 기업부설연구소 : 5인 이상 2. 국외에 있는 기업부설연구소 : 5인 이상 3. 과학기술부령이 정하는 과학기술분야연구기관의 연구원이 창업한 연구개발형 중소기업 또는 벤처기업육성에관한특별조치법 제2조의 규정에 의한 벤처기업이 설립하는 기업부설연구소 : 2인 이상(창업일부터 5년간에 한한다) 4. 제1호 내지 제3호 외의 기업부설연구소 : 10인 이상
(6) 기술개발촉진법 시행규칙 제7조【기업부설연구소의 신고 등】 ② 영 제15조 제1항의 규정에 의하여 기업부설연구소로 인정을 받고자 하는 자는 별지 제7호서식에 의한 신고서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 협회장에게 제출하여야 한다. 1. 연구사업개요서 1부 2. 연구소의 조직 및 직원 현황 1부 3. 연구시설명세서 1부 ③ 협회장은 제2항의 규정에 의한 신고를 받고 기업부설연구소로 인정하는 때에는 별지 제8호서식에 의한 기업부설연구소인정서를 교부하여야 한다.
(7) 과학기술부 고시 제2003-10호(2003.8.23.) ② “연구소·전담부서 및 영리연구법인의 직원”(이하 “연구소직원”이라 한다)이라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 1. 연구전담요원 연구소·전담부서 및 영리연구법인의 연구개발활동과 관련된 분야를 전공하고 연구개발과제를 직접 수행하며 연구업무 이외의 다른 업무를 겸하지 않는 자를 말한다.
다. 사실관계 및 판단
(1) 이 건 과세자료 등에 의하면, 청구법인은 2004 ～ 2008사업연도중 쟁점인건비에 대하여「조세특례제한법」 제10조에 의한연구 및 인력개발비 세액공제대상이라 하여 쟁점세액을 공제하여 법인세 신고하였고, 처분청은 쟁점연구소의 연구원들이 연구활동 외에 영업업무 등의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보아 쟁점세액을 불공제하여 과세하였다.
(2) 처분청은 이 건 과세근거 증빙으로 OOOOOOOO이 청구법인에 대한 세무조사시 영치·확보한 청구법인의 내부문서 “2007-OOOOOOO O OOO OOOO OOO, “연구소 실사 대비 숙지사항”, 2004년 3월 ～ 2007년 12월 중 쟁점연구소 개발1, 2팀의 주간·월간업무보고서, 개발 3팀의 2008년 월간업무보고서, 디자인팀의 2007년업무보고서, 전산운영팀의 2008년 월간업무보고서 및 “업무별 리소스 투입량 보고서” 등을 제시하므로 이에 대하여 본다.
(가) 청구법인의 내부문서인 OOOOO O OOOOOOO O OOO OOOO OOO의 내용을 보면, 아래와 같다.
OOOO OOOO O OOOOOOO O OOO OOOO OO OOOO
(나) “연구소 실사대비 숙지사항”은 그 작성일은 기재되어 있지 아니하고 그 내용을 보면, 아래와 같다.
OOOOOOO OOOO OOOO(OOO OO)OOOO
(다) 2004년 3월 ～ 2007년 12월 중 쟁점연구소 업무보고서 및 업무별 리소스 투입량 보고서 중 개발팀의 2008년 2월 1주 업무일지 내용을 보면, 아래와 같다.
OOOO OOOOO OO OO OOOO OOOO
(라) 처분청은 위와 같은 청구법인의 내부검토문서 및 업무일지 등에 의하여 쟁점연구소 연구원들이 연구개발활동에만 전념하지 아니하고 영업활동과 관련된 지원업무를 겸임하고 있는 사실이 확인되고 있다는 의견이다.
(3) 이에 대하여 청구법인은 쟁점연구소가 「기술개발촉진법」에 의하여 인정받은 기업부설연구소로서 인적·물적 요건을 갖추고 연구원들이 연구활동에 전념하였고 영업활동 등의 지원업무를 겸임하지 아니하였다고 주장하면서 청구법인의 조직도, 기업부설연구소 인정서, OOOOOOOOOOO OOOOOOO 변경신고 수리결과 공문, 2004년 ～ 2008년 중 쟁점인건비 등의 인건비 지급내역, 쟁점연구소 연구원 현황·연구원별 연구참여실적, 쟁점연구소에서 개발한 OOO OOO 구성도·자체 연구개발실적·자체 개발한 주요기술 및 지적재산권 목록, 쟁점연구소의 부서별 업무분장내용, 처분청의 과세근거에 대한 소명자료 등을 증빙자료로 제출하고 있다.
(가) 청구법인의 조직도를 보면, 대표이사 밑에 관리조직인 기획관리실(회계관리, 재무기획 등), 경영연구소, 교육정보화, 출판위원이 있고, 영업본부(법인팀, 교육1·2팀, 학원1·2·3팀, 출판영업팀, 출판기획팀, 고객마케팅팀, 교육지원팀)와 지원본부(물류팀, 영상제작팀, 영상편집팀, 교수설계 1·2팀, 과정제작 1·2팀), 쟁점연구소(개발 1·2·3팀, 디자인팀, 전산운영팀)가 있고, 기업부설연구소 인정서를 보면,2003.9.30. 사단법인 OOOOOOOOOOOO 「OOOOOOO」제16조에 의하여 쟁점연구소를 OOOOOOOO OO(OOOOOOOOOO)OOOO OO OOO, OOOOOOOOOOO OOOOOOO OOOO OOOOOO(OOOOOOOOOO)에 첨부된 청구법인의 내부도면을 보면, 쟁점연구소는 청구법인의 전체 사무실 중 좌측 끝에 분리된 공간에 위치하고 있고, 면적은 122.48㎡으로 전체 사무실 총면적 978.37㎡ 중 12.5%를 차지하고 있는 것으로 나타난다.
(나) 청구법인의 2004사업연도 ～ 2008사업연도 중 쟁점연구소 연구인력별 연구개발실적(20p 분량으로 생략) 및 급여 지급내역 중 쟁점인건비를 포함한 인건비 지출내역을 보면, 아래 <표>와 같다.
OOOOOOOOOOOOOO O OOOOO O OOOOO O OOO OOOO (OO O O, O, O)
O O OOO OOOO, OOOO O OOOO OOOOO OO, OOOOO OOO OO
(다) 쟁점연구소에서 개발완료한 OOO OOO 구성도, 자체개발 연구실적·주요기술 목록·지적재산권 목록 등을 보면, 아래와 같다.
(다) 청구법인의 각 부서별 업무분장의 주요내용을 보면, 법인팀(법인영업팀과 운영팀)의 역할은 영업팀은 고객을 발굴하여 과정을 제안하고 수주를 하며 고객의 요구사항을 접수하여 신규 과정을 기획하거나 기존 과정을 개편하는 의사결정 담당 및 고객의 요구사항 중 새로운 것과 특이사항을 운영팀에 전달하는 등의 업무를 하고, 운영팀은 LMS관리시스템을 활용하여 영업팀 수주내용을 바탕으로 사이트를 개설하고 과정에 따른 차수(기수, 반)를 개설하며 과정별 튜터(보조강사)를 배정하여 학습내용에 대한 보완·처리와 고객 요청사항 중 시스템과 관련된 특이사항을 쟁점연구소에 전달하고, 과정개설 및 콘텐츠 오류에 대한 수정요청, 과정별 공지등록, 노동부에 보고, 독려 대상 및 정책을 수립하여 교육관리의 전반을 책임지며, 학습완료 후 결과자료를 고객회사에 송부하고 수주결과를 집계하여 세금계산서를 발행·고객사에 보내는 등의 업무를 하며,
교육지원팀은 고객불만의 접수 및 유관 부서에 전달, 독려전화 등을 담당하고, 교수설계 / 과정제작팀은 학습자에게 제공할 과정에 대한 설계와 개발 담당, SME(Subject Matter Expert)라고 불리는 강사, 교수, 현업전문가들이 원고를 작성하면 교수설계팀은 원고를 기반으로 다양한 자료를 검색하고 첨가하여 작성한 스토리보드에 따라 프로토타입 개발 및 검수를 통해 확정되면 전체 과정(BtoB시장은 단순 동영상만 서비스하는 과정은 없고 주로 플래시 툴을 사용하여 고급스럽게 개발된 과정이 대부분이고 동영상은 플래시 컨텐츠 안에 하나의 모듈로 사용)을 제작하는 등의 업무를 하고,
영상제작팀은 강의촬영과 테입입고, 캡쳐, 인코딩 등을 담당하고, 영상편집팀은 캡쳐된 영상에 대해 추가적인 편집작업을 통해 영상을 보다 심미적이고 효과가 있도록 만드는 등의 업무를 하며, 물류팀은 자체개발한 아테네시스템이라 불리는 수주매출관리시스템을 통하여 택배사나 퀵서비스, 용달 등의 업체를 활용하여 교재책을 배송하는 등의 업무를 담당하는 것으로 되어 있다.
쟁점연구소의 개발팀 1·2·3팀은 기본적인 연구개발조직으로 BtoB 사업에 필요한 LMS(학사관리시스템)를 개발하고 개선작업을 하는 역할을 담당하는데, BtoB사업을 위한 LMS(학사관리시스템)는 사이트와 관리시스템으로 구성되어 있는데 사이트는 고객사별 별도 사이트가 개설되며 법인팀 내 운영담당자들이 LMS의 관리시스템을 이용하여 수백개의 고객사이트를 중앙에서 총괄적으로 관리하고 이는 쇼핑몰의 OOOO OO OOOO과 유사하고, 디자인팀은 고객회사와 브랜드에대한 OO, OOOO O OOO OO(OOO)O OO OOO(OO OOOOOOOOO OOOOOOOOOOO OOO OOOO) OO OOOO, OOOOOO OOOO O OOOO OOO OOOOO OOOOOO OOOOOO 등도 일부 담당하는 것으로 되어 있다.
쟁점연구소에서 사용하는 시스템 개발에 따른 업무분류 내용 중 “시스템 개발”은 기존 시스템에 없는 새로운 것을 개발하는 것을 말하고, “시스템 개편(리뉴얼)”은 기존 시스템을 전면 개보수하는 경우에 사용하며, “시스템 유지보수”는 기존 시스템에 있는 기능의 오류 수정 및 단순한 기능을 개선하는 경우에 사용하고, “시스템 운영”은 법인운영팀에서 업무수행 중 관리시스템을 이용하여 작업할 수 없는 업무발생시 연구소에 지원요청하여 우선적으로 전산운영팀에서 처리하나 발생이 빈번한 경우는 개발팀에서 직접 개발하여 관리시스템에 메뉴로 추가하고 있다는 등으로 되어 있다.
(라) 청구법인의 기획관리실장 이OO O OOOOO OO OOO은 2010.4.22. 조세심판관회의에 출석하여 처분청의 과세근거자료 중 OOOOOOOOOOOOO O OOO OOOOO에 대하여 동 문서는 그 형식과 내용 등에서 보듯이 공식적으로 작성된 문서가 아니고 2007년 6월 관리팀에서 연구소 인력의 변동사항에 대해 OOOOOOOOOO에 신고가 제때에 처리되지 않은 점과 쟁점연구소 내에 문서작성을 담당하는 행정요원이 별도로 없다 보니 개발과제들이 일일이 문서로 기록되고 관리되지 못하는 실정이었고, 연구인력이 타부서의 TFT팀에 배속된 경우 실제 소속 및 업무는 연구소로 되어 있으나 부서별 예산관리 및 성과평가 등으로 조직도상에 타부서로 표시되는 문제가 있어 이에 대한 보완이 필요하다는 점을 강조화법을 사용하여 지적한 것이었고, 인력변동 사항은 곧 바로 OOOOOOOOOO에 변경신고시 변동사항을 반영하고 이에 따라 회계신고를 하였으며, “연구소 실사대비 숙지사항”은 2003년 9월 쟁점연구소가「OOOOOOO」O OO OOOOOOOO OOOO OO OOOOOOOOOO의 현장실사에 대비하여 경영지원팀에서 연구원들에게 보낸 문서로 연구원들이기업부설연구소로 인정되기 이전의 용어나 호칭 등을 사용함으로써 현장실사자의 오해를 불러올 것을 우려하여 주의사항을 전달한 것이었다고 진술하면서 관련 소명자료를 제출하였으며,
“업무일지 및 업무별 리소스 분석”자료 중 2008년 2월 1주 업무일지와 관련하여 제출한 소명자료를 보면, OOO OOO OOO OO, OOOO OOOOOOO O OOOO OOO OOOO OOO OOOOOOO OOO OOOO OOOOO OOOOO OOOOO OOOOOOOOO으로 수주전송을 하여 매출로 인식시키는 운영업무를 지원하기 위한 법인관리시스템 모듈을 개발한경우이고, “2. 법인연수원 개편, 2-1. 평가구현”은 학습자가 온라인에서시험(평가)을 볼 수 있는 시스템을 구현하여 제공한 것으로 평가업무를 대행한 것이 아니며, “2-2. 주문취소”는 학습자가 사이트에서 강의 및 교재를 신청 후 주문을 취소할 수 있는 기능을 개발한 것으로 주문 취소에 따라 수강신청의 취소 및 택배사에 교재 회수 및 취소 데이터를 연동할수 있는 모듈을 개발하는 업무로 직접 주문취소 작업을 한 것이 아니고, “2-3. 과제 중간저장 추가”는 학습자의 과제제출 모듈에서 중간저장 기능을 추가 개발한 것이며, “2-4. 수강신청(개인결제)”은 학습자가 수강신청하고 개인결제(카드, 무통장입금, 계좌이체)할 수 있는 모듈을 개발한 것이고, “3. 개인 수강지원 수정요청 처리, 3-1. 수강신청정보 SMS 발송(관리자)”은 법인연수원 사이트에서 학습자의 수강신청에 따른 신청정보를 관리자에게 SMS를 발송할 수 있는 모듈을 개발한 것이며, “3-2. 근로자능력개발카드제도 신청메일(관리자)”은 근로자능력개발카드제도에서 학습자가 수강신청시 관리자에게 자동으로 신청내역에 대한 메일이 발송되는 모듈을 개발한 것이고, “4. 외부 컨텐츠 포팅(110여개), 4-1. 포팅과정 수정처리”는 외부 업체 컨텐츠 포팅에 따른 LMS와 콘텐츠 모듈간의 학습 트래킹정보 수집함수의 정상적 동작을 위한 함수 모듈의 수정, 외부 업체의 콘텐츠에서 일부 함수 호출의 문제로 인한 함수수정 및 컨텐츠에서 함수 호출부분에 대한 수정요청 처리를 한 것이며, “5. ActiveX 기능 보안, 5-1. 신규 버전 테스트 및 개편 사이트 적용(강의)”은 신규 개발된 ActiveX 모듈의 테스트를 진행하고 그에 따른 개편된 연수원 사이트의 학습자 강의창 모듈에서 해당 ActiveX를 적용하여 정상적으로 기능이 수행되는지 확인하는 등의 개발업무를 수행한 것으로, 동 업무일지 등에 축약하여 기재된 것처럼 평가구현, 주문취소, 수강신청 및 SMS 발송 등의 업무를 수행한 것이 아니라는 등으로 소명하고 있다.
(4) 위의 사실관계 및 관련법령 등을 종합하여 보면, 청구법인은 2003.9.30. 「OOOOOOO」 제16조 및 같은 법 시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 OOOOOOOO OOOOO OO OOOOOOOOOOO으로부터OOOOOOOO OOOO OO OOOO OO OO OOO OOOOOOOOOO에 신고하여 온 사실이 확인되고 있고, OOO OOO 관련특허취득 3건, 온라인 강의시스템 프로그램 등록 8건, 교육 IT기술 획득17건, 자체개발 연구실적 13건 및 정부 OOOOOOOOOOO O건 등 지속적으로 연구성과를 산출하고 있는 것으로 나타나며, 중소기업청장으로부터 OOOOO OOOOOO OOOO, OOO 등으로부터 인터넷 훈련기관 최우수 기관으로 선정되는 등 연구원들이 각각의 연구프로젝트별로 연구에 참여하고 있음이 2003년 ～ 2008년 인력별 개발업무 참여내역 등에 의하여 확인되는 반면,
처분청이 과세근거로 제시한 청구법인의 내부문서(OOOOOOOOOOOO O OOO OOOO OO, OOO OOOO OOOO)의 경우 그 기재내용에 따라 연구원들이 다른 업무를 겸임하였다고 추정한 것으로 연구원이 연구활동 외의 영업활동 등의 업무를 겸임한 사실이 구체적으로 입증되는 자료로 보기 어려우며, “업무일지” 등에 기재된 주문취소 등 영업활동으로 오해할 수 있는 용어의 경우 청구법인에 그와 같은 영업활동을 전담하여 수행하는 영업팀이 별도로 있는 점과 관리시스템상 그 업무를 수행할 수 있는 기능을 개발하는 일을 축약하여 기재한 것이라는 청구법인의 소명이 보다 더 신빙성이 있으므로 위와 같은 처분청의 과세근거 증빙만으로는 쟁점연구소 연구원들이 연구활동에 전념하지 아니하였다고 볼 수 없고, 청구법인 내의 일반 매출부서의 영업활동과 구분되는 연구활동을 실질적이고 지속적으로 수행한 것으로 볼 수있으므로 이들 연구원들에 대한 인건비는 기본적으로 「조세특례제한법」제10조에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상으로 보는 것이 타당하다고 판단된다.
다만, 쟁점연구소의 전산운영팀의 경우 업무분장상에 전산서버 및 네트워크 자원을 관리하면서 법인운영팀에서 요청하는 전산지원 등도 처리하는 것으로 되어 있어 연구개발업무 외에 지원업무를 일부 겸임하고 있는 것으로 볼 수 있으므로 쟁점인건비 중 전산운영팀에 속한 연구원에 대한 인건비 174,251,713원(2004년 26,711,156원, 2005년 28,461,875원, 2006년 30,315,007원, 2007년 34,047,963원, 2008년 54,715,712원)의 경우는 위의 규정에 의한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다고 판단된다.
(5) 그렇다면, 처분청이 쟁점연구소 연구원이 모두 영업활동 등의 지원업무를 겸임하고 있는 것으로 보아 쟁점인건비에 대하여 전액을 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상에서 제외하여 과세한 것은 잘못이므로 쟁점인건비 중 2,621,309,923원(2004년 515,294,191원, 2005년 402,621,684원, 2006년 483,822,588원, 2007년 587,014,078원, 2008년 632,557,382원)을 「조세특례제한법」제10조에 정한 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 대상 인건비로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
4. 결 론
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의거 주문과 같이 결정한다. |